평택 브레인시티 통합지주협의회와 수용지역 주민들이 지난 12일 오전 수원지검 평택지청에 김선기 평택시장과 담당자 등 4명에 대해 업무방해·직권남용권리행사방해 등의 이유를 들어 고발장을 접수 했다.  이에 앞서 통합지주협의회와 수용지역 주민들은 “평택시가 브레인시티 수용지역 주민을 죽음으로 내모는 ‘공작정치’행태 중지와 성균관대학교 유치에 대한 명확한 입장표명을 요구”하는 기자회견을 가졌다.  이 자리에서 김준수 브레인시티 농지대책위원장은 “브레인시티사업은 평택시민의 100년대계를 위한 사업임을 인정하고 일부 공무원들의 불법행위 중단과 검찰의 엄정한 수사”를 요구했다.  
이날 브레인시티 통합지주협의회와 수용지역 주민들이 수원지검 평택지청에 접수한 고발장에는 “김 시장의 지휘 감독을 받는 공무원들이 브레인시티사업을 중단시키기 위해 통장 등을 압박했다”는 내용과 “이로인해 압박을 받은 통장은 주민의 복리를 증진시키는 본연의 업무를 수행하지 못하도록 업무를 방해한 혐의”등의 내용이 담겨져 있는 것으로 알려졌다. 
  한편 지난 4월 2일에도 브레인시티 통합지주협의회, 성대유치촉구시민회의, 새희망 새평택 시민연대, 평택·안성 흥사단, 평택시 시민인권연대 등 5개 단체(시민단체)가 김선기 시장과 담당과장에 대해 직무유기의 혐의로 고소를 한 봐 있다.